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Ce BTSA forme les élèves à la gestion d'une entreprise aquacole. La formation est axée en premier lieu sur l'étude des milieux aquatiques naturels et artificiels et sur la connaissance des espèces élevées et cultivées en aquaculture. L'élève acquiert les compétences nécessaires pour conduire une production aquacole : sélection des géniteurs, modes de reproduction, cycles de croissance, modes d'alimentation, besoins des espèces, suivi de l'état sanitaire. Il apprend à utiliser des équipements aquacoles et à en assurer la maintenance courante. Qu'il s'agisse d'une production en eau douce ou en milieu marin, en milieu naturel ou en bassins, l'élève est sensibilisé aux impacts de son activité sur l'environnement, sur la qualité de l'eau. L'aspect économique est l'autre volet important de cette formation. L'élève est formé à la gestion d'entreprise, à la comptabilité. Il apprend à réaliser des diagnostics qui prennent en compte à la fois les aspects technique, financier, réglementaire et environnemental de l'activité d'élevage. Il est capable de faire des choix ou de formuler des conseils pour adapter la production au marché et aux contraintes de l'exploitation. La plupart des titulaires du BTSA se dirigent vers les entreprises aquacoles, bien souvent d'abord comme salariés : conducteur de travaux, technicien aquacole. Ils peuvent s'installer à leur compte comme pisciculteur ou conchyliculteur et gérer leur propre exploitation ou travailler dans des secteurs plus singuliers comme la culture d'algues, l'élevage de crustacés, l'aquariophilie marine ou la pêche continentale ou en estuaire. Certains diplômés peuvent également s'orienter vers les métiers de technicien-conseiller ou technico-commercial.